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“以中醫藥理論與實踐經驗為主體，研究人類生命活動中醫學中健康與疾病轉化規律及其預防、診斷、治療、康復和保健的綜合性科學”。中醫學屬于在陰陽五行理論指導下、從動態整體角度研究人體生理病理藥理及其與自然環境關系、尋求防治疾病最有效方法的學問。任何一種理論，如果不具備整體觀念的特色，它就不會是完全意義上的中醫學，具備了整體觀念若是還不具備動態的性質，那么，這種理論也就還沒有完全把握到中醫學的真諦。“整體觀念”和“辨證論治”是中醫理論的基本特色，但現有的中醫學，除了《中醫生理病理系統論》，幾乎還沒有人能達到這樣的能全方位的突出“整體觀念”和“辨證論治”特色的，既能揭示臟腑的陰陽氣化規律、溝通與天地陰陽氣化規律聯系，又能揭示疾病的證侯規律的理論體系。 比如說中醫學有從整體觀念角度形成的“正氣與邪氣是構成疾病的基本矛盾”的概念，按理說這應該是中醫確定病名的理論依據。然而，由于其幾乎喪失了陰陽五行理論對其的指導作用與價值，必然就分不清“病因”與“證因”的區別與聯系，意識到“病”和“證”是構成疾病的基本要素，而是把“病因”與“證因”混為一談，甚至最后連病癥這些分別處于不同邏輯范疇的概念也混淆。然而，陰陽五行屬于中國古代哲學范疇，將哲學和醫學混為一談，這使得部分人不能信服，也成為了質疑其科學性者的把柄。
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